Кустарник до 1,5 высоты с мелкими пленчатыми, лишенными хлорофилла листьями менее 2 мм длины. Стволики до 4 см в диаметре, деревянистые, покрытые серой корой. Молодые ветви (1-1,5 лет) зеленые, неодревесневшие. Эфедра - двудомное растение. На женских экземплярах развиваются ярко-красные или оранжевые удлиненные мясистые односемянные "ягоды" (шишкоягоды). Семена бурые, выдаются из шишкоягоды. Цветет в мае, семена созревают в июле.
В медицине используют неодревесневшие (зеленые) побеги, называемые у заготовителей "травой". Они служат сырьем для получения препарата "эфедрина гидрохлорид". Его назначают при бронхиальной астме и других аллергических заболеваниях, насморке, гипотонической болезни, миастении, энурезе, отравлении снотворными средствами. Применяют только по назначению врача. Эфедрин входит в состав ряда сложных препаратов. Основные заросли эфедры хвощевой расположены в горах Восточного и Южного Казахстана, Киргизии, Таджикистана, Узбекистана. Менее обильна и более низкоросла в горах Туркмении, Дагестана и северо-восточного Азербайджана. Это светолюбивое растение встречается в горно-степном, редколесном (арчевом) и лесном поясах.
Заготавливают эфедру с апреля до середины мая, а затем - с начала июля до конца октября, при этом срезают серпом лишь часть зеленых побегов, таким образом сохраняя ее для повторных заготовок через 3-5 лет. Зеленые веточки складывают невысокими длинными скирдами для сушки на солнце.